看着两人，皮卡丘点了点头，因为这些事他们有权知道，不过还得从一年前开始说起了……
当时密阿雷市就已经因闪焰队的扩张，开始混乱起来，它虽然通过自己敏锐的侦探直觉察觉到了这点，但并没有去调查，手上事情比较多，也相信官方的人也重视的。
可直到某天，玛琪艾儿突然找了过来，说柚丽嘉被一帮奇怪的家伙带走了，而她是就近逃过来的，因为帅哥不家，她只能找皮卡丘帮忙。
因为两人和皮卡丘关系很不错，于是它便帮着急地忙开始调查起来，可惜一连好几天，什么都没有找到，这期间玛琪艾儿也失踪了……
可没想到几天过去，失踪的两人却突然又回来了，而且还跟事发生一样，甚至玛琪艾儿也完全忘记委托皮卡丘帮忙的事，非常奇怪。
这些事让皮卡丘察觉到了异常，可惜不管怎么找都没有找到索，直到某天芙拉梅尔到来委托它调查MEGA进化时，提到了闪焰队的事。
这一下子就让它打开了思绪，但它也知道了这个组织的强大，避自己暴露大侦探皮卡丘的身份，就将所有东西都放家里，独自前往调查。
没想到这一查，竟发现了惊人的阴谋，它看到玛琪艾儿和柚丽嘉失忆的真相，因为前者可以方便监视国际警察，后者可以方便监视希特隆。
于是她们就被选做了目标，并成为了E战斗服的实验对象，而玛琪艾儿那天逃离后，其实是先去了警局报桉，然后才来皮卡丘侦探事务所。
但警局都是闪焰队的人，她当时离开时就被跟踪了，接着被库瑟洛斯奇用乌贼王抹去了那段记忆。
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